幽灵窃取技术改进了超光速引擎。人类在迈克尔的帮助下俘虏了一大批幽灵还抢了一艘蜂巢级战舰，可惜幽灵战俘们逃跑招来另外几个蜂巢级战舰，接着该战舰就在战斗中炸掉了。接着碰到了远古人创造的复制人，吉乃人科尔亚俘虏的幽灵和谢帕德逃出生天，幽灵把生命反输给了谢帕德，科尔亚也在随后一个骗子酱油集里被杀。
    麦凯恩跟他同样天才的妹妹打了一集酱油，顺带用完了一个ZPM，一艘古人飞船以0.9999光速飞行的时候被代达罗斯号发现，里面100来个古人要回了亚特兰蒂斯，并且驱逐了SGU，不过复制人来袭，占领了亚特兰蒂斯，全歼了古人，6人小队赶回去灭了复制人，并取得了古人飞船带来的3个ZPM，可惜，星门中心还是只给了亚特兰蒂斯1个，拿走了另两个。麦凯恩在亚特兰蒂斯寻宝的时候被古人升天实验室改造成升天模式，但老麦精神升不了，只能等死，顺便在升天模式bug全开下改进了代达罗斯的超光速引擎把亚特兰蒂斯节了一下能创造一个数学分支写了500页的doctor韦尔传徒手医治了被电流击穿心脏的卡兰听见别人想什么用意念移动物体等等，可惜麦凯取消掉升天模式后就看不懂他自己写的方程了。
    韦尔度假，泰勒怀孕，卡特接班麦凯乐坏了，泰勒怀孕，星门链计划被幽灵发现，幽灵攻进了地球上星门指挥中心，还好被两大猛男提尔克和罗南分分钟搞定。迈克尔把哈芬人发明的病毒升级后随机的传播给了某些星球，该病毒能杀死30%的人类，幸存下来的无法被幽灵吸食，并且吸食幽灵会感染病毒死亡，tod跟亚特兰蒂斯达成协议一起解决。。。走投无路的迈克尔利用大甲虫和人类DNA创造了一种超级战士，复制人远征地球的舰队被地球新旗舰阿波罗号奇袭摧毁，复制人为报复攻击亚特兰蒂斯，无奈中亚特兰蒂斯飞离星球却几乎耗尽了zpm的能量在星际荒野中抛锚。。。
    没看到卡森出事，很奇怪，难道被剪掉了？本季主线集相对比较多，有些事莫名其妙，比如卡特代替韦尔，泰勒生孩子都没有说明，泰勒如何被救回也没有，难道少了一集？